神庙内部并非想象中的古老遗迹，而是一个高科技设施，其科技水平甚至超过深塔基地。全息投影自动激活，展示出令人震惊的真相：
原来，地球文明周期性地经历毁灭与重生，每次都有“守护者”留下知识和科技，助新文明重建。深塔计划是最近一代守护者的作品，而云岚被选为这一代的“传承者”。
更令人震惊的是，变异并非核战争意外产物，而是某种宇宙力量影响的结果。这种力量正周期性地接近地球，每次都会引起生物变异和文明崩溃。深塔计划的真正目的，是找到抵御这种力量的方法。
莫里斯的声音响起：“明白了吗？传统方法根本无效。只有主动适应变异，掌控变异，人类才能进化到下一阶段。”
云岚反驳：“但你是在强迫所有人接受你的方式！”
“必要时是的，”莫里斯冷笑着激活了神庙核心装置，“现在，让我展示真正的力量。”
装置启动，整个神庙开始震动。云岚和灵儿试图阻止，但莫里斯的力量在神庙中得到极大增强，轻易将他们击退。
危急关头，云岚注意到神庙控制系统与自己的“源核”产生共鸣。他集中意志，尝试与系统建立连接。
一瞬间，海量信息涌入他的脑海。他明白了如何操控神庙系统，也明白了莫里斯计划的致命缺陷——强行加速进化过程会导致基因崩溃。
云岚利用新获得的知识，反向操作控制系统，打断了莫里斯的仪式。能量反噬重创了莫里斯，但他仍在忠诚部下保护下逃走。
临行前，莫里斯警告：“你们赢了这场战斗，但输掉了战争。那股力量已经临近，没有我的方法，人类注定灭绝！”
云岚和灵儿获得了神庙的控制权，但也意识到莫里斯并非完全错误——宇宙威胁确实存在且正在逼近。
更令人忧心的是，他们在神庙中发现了一个令人不安的记录：深塔计划内部早有分裂，一股隐藏势力一直在暗中操纵事件发展，连莫里斯可能都只是棋子。