云岚昏迷了三天。在梦境中，他经历了记忆的洪流——
原来，旧世界末期，人类意识到文明即将崩溃，启动了“深塔计划”：挑选最优秀的个体进入太空避难所，等待重返地球的时机。而云岚被选为“源核”的载体，体内融合了古代文明最先进的生物科技。
那个箱子里的“源核”，实际上是激活全球深塔网络的密钥。一旦全部激活，这些基地能形成一个保护网络，抵御大规模威胁。
他也想起了与灵儿的关系——他们曾是深塔项目的同事，甚至更多...但某次意外导致云岚记忆被封存，能力被限制。灵儿自愿陪伴他，等待适当时机助他苏醒。
最令人震惊的是，云岚发现纳西古国内部早已被暗盟渗透。暗盟的首领不是别人，正是当年深塔计划的叛徒——莫里斯博士。他相信只有通过控制变异力量和强权统治，才能让人类“进化”。
醒来后，云岚第一时间面见老君王，告知这些发现。老君王震惊之余，也透露了一个秘密：纳西王室实际上是最早一批深塔回归者后裔，世代守护着等待“核心载体”归来的使命。
然而，当云岚试图找出宫内奸细时，却发现楚无畏已神秘失踪，只留下一封信：“信任无人，真相在北方。”
与此同时，灵儿调查发现暗盟正在寻找传说中的“远古神庙”——据说那里藏着能大规模增强能力的科技。如果让暗盟得手，后果不堪设想。
云岚做出决定：必须赶在暗盟之前找到神庙。这不仅是为阻止敌人，也为寻找恢复自己全部能力和记忆的方法。